Localizados no mini-campus da Universidade Federal do Amazonas (Ufam), estes laboratórios são responsáveis pela classificação, limpezas, restauro, manutenção de peças arqueológicas e históricas.

Seu acervo é composto basicamente de artefatos cerâmicos (urnas funerárias, vasilhas, adornos, utensílios rituais); material lítico (machados, afiadores, lâminas de corte, pontas de projéteis); ossos humanos; e, sedimentos que podem conter vestígio de ocupação humana.

A evolução deste acervo é recente e tem se beneficiado com a decisão da 1ª Superintendência Regional do Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN), no sentido de fomentar a permanência dos artefatos arqueológicos descobertos e prospectados em nosso Estado.

A ampliação da pesquisa arqueológica na Amazônia, tem ajudado o Museu a aumentar e diversificar seu acervo, principalmente a partir dos trabalhos realizados pelo Projeto Amazônia Central, que em conjunto com a Ufam, já identificou e catalogou mais de 150 sítios arqueológicos no Amazonas.