O Setor Museológico encontra-se sob a supervisão da Divisão de Museologia do Museu Amazônico e está localizado no segundo andar do prédio, onde estão instalados os setores técnicos do museu, ocupando uma área física de 63,87m² dividos entre Museologia, Museografia e Reserva Técnica.

Na Reserva Técnica há 3278 peças etnográficas e 219 peças de artesanato e arte popular e algumas de cunho histórico.

A Muselogia/Museografia é um espaço de multi-uso. Nele são realizados os seguintes trabalhos:
1. Registro, identificação e classificação das coleções do acervo;
2. Higienização, conservação e pequenos restauro dos objetos.
3. Planejamento de exposições, pesquisa e seleção de acervo.
4. Atendimento a pesquisadores.